evolutionary biology

Phylogenetic estimation of diversity-dependent biogeographic rates using deep learning

이 논문은 종 다양성에 따른 분산, 멸종, 종분화율의 변화를 모델링하는 새로운 생성 모델 'DDGeoSSE'를 개발하고 딥러닝을 활용한 추정을 통해 카리브해 아놀도 도마뱀과 구름숲 비버눔 식물 군집에서 지역 종 풍부도가 분화 역학에 중요한 역할을 한다는 증거를 제시합니다.

Evolutionary trajectories of teleost olfactory signaling genes shaped by long-term redundancy after whole-genome duplication

이 논문은 어류 특이적 전장 유전체 복제 (WGD) 로 인해 약 3 억 년 동안 중복성을 유지해 온 후 비기능화 및 아기능화를 통해 분화된 후각 신호 전달 유전자 (omp 등) 를 분석하여, 유전자 용량 균형 제약이 어류 후각 시스템의 장기적 진화와 다양성 창출에 핵심적인 역할을 했음을 규명했습니다.

High-throughput targeted paleoproteomics sex estimation on medieval Great Moravia individuals using MALDI-CASI-FTICR mass spectrometry

이 논문은 MALDI-CASI-FTICR 질량 분석법을 활용하여 중세 대모라비아 유적의 고대 치아 법랑질에서 성별 결정 단백질을 고처리량으로 분석함으로써, 기존 골격학적 방법의 오류를 보완하고 성별 추정 효율성과 정확성을 획기적으로 향상시킨 새로운 방법을 제시합니다.

The effect of age and sex on the rate of de novo mutations in barn owls

이 연구는 33 개의 부모 - 자식 삼인구를 분석하여 부엉이의 돌연변이율이 조류에서 부성 나이에 비례하여 증가하며 아버지가 어머니보다 두 배 많은 돌연변이를 전달한다는 것을 밝혀냈습니다.

Negative frequency-dependent selection maintains partner quality variation in a keystone nutritional mutualism

이 연구는 질소 고정 공생균과 콩과식물의 상호작용에서 고질량 균주가 희소할 때만 선호되는 음의 빈도 의존적 선택이 파트너 품질의 유전적 변이를 유지하여 상호작용의 진화적 지속성을 설명한다는 것을 실험적으로 규명했습니다.

Summary statistics and approximate bayesian computation are comparable to convolutional neural networks for inferring times to fixation

이 논문은 단일 시점의 단일 개체군 유전자형 데이터에서 고전적 요약 통계량을 기반으로 한 방법이 기계 학습 모델보다 고정 시간을 더 잘 예측함을 보여줌으로써, 강선택적 스윕의 고정 시간과 발생 시간을 구분할 수 있는 새로운 신호는 거의 남아있지 않음을 시사합니다.

Evolutionary Advantage of Diversity-Generating Retroelements in Switching Environments

이 논문은 박테리오파지와 박테리아에서 발견되는 다양성 생성 역전사 요소 (DGR) 가 환경 변화에 적응하는 데 있어 표준 돌연변이 생성보다 우수한 진화적 이점을 제공하며, 특히 인간 장내 박테리아에서 관찰되는 DGR 의 활성화 패턴을 설명하는 두 시간 규모 분석 프레임워크를 제시합니다.

Rethinking human AMY1 copy number evolution in light of demographic history

이 연구는 인구통계학적 역사와 계통발생적 분석을 통해 아밀라제 유전자 (AMY1) 의 복제수 변이가 농업 식단보다는 인류의 계보적 역사에 의해 주로 결정된다는 것을 보여주며, 기존의 '농업 가설'을 재검토해야 함을 주장합니다.

Signatures of innovation and selection in the extremotolerant yeast Kluyveromyces marxianus

이 연구는 극한 환경에 적응한 효모인 Kluyveromyces marxianus 의 내성 기작을 규명하기 위해 비교 유전체학 및 오믹스 분석을 수행한 결과, 막 단백질의 적응적 변이와 지질 대사 조절이 이 종의 고온 및 화학적 스트레스 내성을 결정하는 핵심 진화적 요인임을 밝혔습니다.

Questioning the Evidence for Host-Symbiont Codiversification in Mycorrhizal Symbioses

Functional bottlenecks can emerge from non-epistatic underlying traits

이 논문은 복잡한 네트워크 상호작용이 없더라도 비선형적 전사 과정과 중립적/비중립적 돌연변이의 적절한 균형 하에서 단백질 적합도 지형에 기능적 병목 현상이 발생할 수 있음을 보여주는 새로운 모델을 제시합니다.

Analytical expectations for ancestry junction accumulation in admixed genomes

이 논문은 재조합률, 조상 이형접합성, 유효 집단 크기 등을 고려하여 혼합된 개체군의 유전체에서 조상 전이 (ancestry switches) 가 축적되는 정도에 대한 분석적 기대치를 도출하고, 이를 시뮬레이션 및 실증 데이터와 비교하여 재조합과 인구통계학적 요인이 혼합 집단 유전체 패턴에 미치는 영향을 규명했습니다.

Lineage-specific evolution of regulatory landscapes in a polyploid plant and its diploid progenitors

이 연구는 이배체 조상종과 잡종다배체 땅콩을 비교 분석하여 유전체 내 조절 영역의 진화적 궤적과 유전자 발현 편향에 미치는 영향을 규명함으로써 식물의 정밀한 조절 지형도 진화에 대한 실증적 통찰을 제공했습니다.

Evidence of Adaptation in Structural Variants among Wild Populations of the purple sea urchin, Strongylocentrotus purpuratus

이 연구는 140 개의 개체에서 저커버리지 전장 유전체 시퀀싱 데이터를 분석하여 자색 성게 (Strongylocentrotus purpuratus) 에서 9 개의 역위 변이를 발견하고 그 중 3 개가 지역 적응과 관련된 선택 신호를 보임을 규명함으로써, 해양 생물의 구조적 변이가 유전자 흐름에도 불구하고 지역 적응에 중요한 역할을 할 수 있음을 입증했습니다.

Not-so-great tit: early-life environment drives long-term decrease in adult body mass in a wild bird population

An ancient monoaminergic signaling system coordinates contractility in a nerveless sponge

이 논문은 신경과 근육이 없는 해면동물 (Spongilla lacustris) 이 단아민 신호 전달 시스템을 통해 수분 통로의 수축과 이완을 조절하며, 이는 신경계 진화의 선구적 기작임을 규명했습니다.

TriMouNet: An Algorithm for Inferring Level-1 Phylogenetic Networks from Multi-Locus Gene Tree Distributions.

본 논문은 다유전자좌 데이터의 계통수 분포를 활용하여 통계적 지지를 갖춘 3-분지 네트워크 (trinets) 를 추론하고 이를 TriLoNet 방식과 유사하게 통합함으로써, 불완전 계통분류 (ILS) 가 존재하는 환경에서도 낮은 위양성률로 망상 진화를 정확히 식별하는 새로운 알고리즘 TriMouNet 을 제안합니다.

The evolution of condition-dependent self-fertilisation

이 논문은 유전적 요인이 아닌 개체의 상태에 따라 자가수정을 조절하는 '상태 의존적 자가수정'이 진화적으로 유리하며, 이는 집단 내 교배 시스템의 다양성과 혼합 교배의 유지에 기여할 수 있음을 보여줍니다.

Neurotranscriptomic signatures of natural variation in mate preference learning in two subspecies of Heliconius melpomene butterflies

이 연구는 헬리코니우스 멜포메네 두 아종 간의 짝 선택 학습 능력 차이를 뇌 및 감각 조직의 전사체 분석을 통해 규명하고, 유전적 변이가 신경 처리와 감각 처리를 통해 행동 차이를 유발하며 종 분화로 이어질 수 있음을 제시합니다.

Mothers letting go: postnatal maternal investment shapes sex-specific social development in wild vervet monkeys

이 연구는 야생 베르베트 원숭이에서 모성 투자 출생 시의 성비 편향보다는 출생 후의 사회적 발달 경로를 통해 성별에 따른 삶의 역사적 차이를 형성하며, 특히 어미의 나이가 성비를, 어미의 지배력이 딸의 생존과 사회적 통합에 더 큰 영향을 미친다는 것을 밝혔습니다.